Durante el periodo Meiji 1868–1912 d.C., la supervivencia de la raza se vio gravemente afectada por el programa de cría del Ejército Imperial Japonés, que quería caballos más altos, descartando a todos los sementales de la raza a los que castraban y ordenando la utilización de sementales importados para cubrir las yeguas de la raza Kiso. Para finales de la Segunda Guerra Mundial el numero de caballos Kiso de raza pura, era muy escaso. Un solo sementa dedicado como ofrenda a un santuario religioso, había escapado al plan de castración. El hijo de ese semental, llamado Daisan-haruyama nacido en 1951 puede considerarse como el padre de la raza actual.

En 1899 había un total de 6823 caballos de la raza Kiso, mientras que entre 1965 y 1976, el número de cayó a tan sólo 32 ejemplares. En la actualidad el número de caballos de esta raza es de unos 150, habiendo identificados cuatro grupos dentro de la raza. 

KISO UMA Y EL SAMURAI.

Las características de la raza de caballo japonés Kiso, fueron bastante determinantes en el tipo de lucha que desarrollaron los samurai que los montaban. Tal y como describiera el misionero portugués Luis Frois, "los europeos luchan a caballo, los japoneses montan sus caballos para la batalla, desmontan y luchan a pie". Esta afirmación de Frois, se debe a que él tan sólo había visto pelear a samuráis de las regiones de Kansai al oeste de Japón, y era bien cierto que los samurai de la zona de Kansai desmontaban a la hora de acometer la lucha con el rival para realizar la confrontación a pie. Pero esta particularidad regional, no era tan habitual en otras regiones, como por ejemplo en el área de kanto en la cual los samurai sí que realizaban la lucha desde la montura como norma.

Los samurais montados en caballos a menudo utilizaban a estos como un arma en sí misma, cargando contra el oponente, en algunos casos causando una colisión que desequilibraría o incluso dañaría al otro caballo. Por este motivo, los caballos se convertían en un objetivo a derribar cuando se aproximaba una carga, ya que al ser un blanco más grande y fácil de impactar por un arquero o un lancero, se conseguía un doble propósito, derribar al jinete y además impedir un impacto que podría inutilizar varios hombres de a pie. A pesar de esto, la importancia del caballo como bien con mayúsculas era tal, que siempre que la razón y el lance de batalla lo permitía, se trataba de evitar herirlos para posteriormente hacerse con ellos y pasarlos a la filas propias.

Son varias la técnicas que se desarrollaron para luchar contra otros samuráis montados a caballo usando diferentes armas de muy variada índole, de asta, espadas, palos e incluso métodos de mano vacía. Para la lucha con espadas, la dinámica básica consistía en colocarse al lado izquierdo del oponente para generar una ventaja para el guerrero diestro que podría ejecutar un corte con mayor facilidad desde esa posición así como evitar los ataques rivales.

En uno de los más célebres libros del período Edo temprano, el Zohyo no Monogatari, un libro de texto que era un tipo de guía de supervivencia escrito por soldados de infantería ashigaru, menciona la diferencia entre las técnicas de batalla samurai de Kanto y Kansai y señala que, para ese momento, finales del siglo XVI y comienzos del XVII, ambas regiones habían ya fusionado las técnicas que empleaban y que los caracterizaba.